Incapacidad laboral en Colombia: Tipos, quién paga y cuánto se reconoce
Cuando un trabajador presenta una incapacidad laboral en Colombia, la empresa paga primero y la EPS o la ARL reconocen después. Entre un momento y otro hay porcentajes, plazos y requisitos que definen cuánto recibe el trabajador y cuánto recupera la empresa.
En este artículo, te contamos sobre qué tipos de incapacidad existen, quién paga cada día, cuánto reconoce la EPS, qué certificados son válidos y qué debe hacer tu empresa para gestionarlas sin perder dinero.
¿Qué es una incapacidad laboral?
La incapacidad laboral es el periodo en el que un trabajador no puede desempeñar sus funciones por una enfermedad o un accidente, certificado por un médico u odontólogo autorizado. Durante ese tiempo, el trabajador recibe un auxilio económico que reemplaza su salario, y la entidad que lo financia depende del origen y de la duración de la incapacidad.
El certificado cumple dos funciones distintas, por un lado, justifica la ausencia ante la empresa y, cuando reúne los requisitos legales, da lugar a una prestación económica que el sistema de seguridad social reconoce. Esa diferencia explica por qué una incapacidad puede estar bien registrada como ausencia y, al mismo tiempo, quedar sin reconocimiento económico.
El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo fija el auxilio por enfermedad no profesional en dos terceras partes del salario durante los primeros 90 días y la mitad durante los 90 días siguientes.
¿Qué tipos de incapacidad laboral hay?
Las incapacidades se clasifican de dos maneras: por su origen, que define quién paga, y por su duración y gravedad, que define si el trabajador vuelve a su cargo, necesita reubicación o accede a una pensión.
Incapacidad de origen común y de origen laboral
La incapacidad de origen común proviene de una enfermedad general o de un accidente que no está relacionado con el trabajo, como una gripe, una cirugía programada o una caída en casa. La incapacidad de origen laboral proviene de un accidente de trabajo o de una enfermedad laboral, según las definiciones de la Ley 1562 de 2012.
| Origen | Qué la causa | Quién la reconoce |
|---|---|---|
| Común | Enfermedad general o accidente fuera del trabajo | Empleador (días 1 y 2), EPS y, en incapacidades prolongadas, la administradora de pensiones |
| Laboral | Accidente de trabajo o enfermedad laboral | ARL |
Según la duración y la pérdida de capacidad, la Ley 776 de 2002 distingue tres situaciones en riesgos laborales:
- Incapacidad temporal: El trabajador no puede trabajar por un tiempo determinado y se espera que se recupere.
- Incapacidad permanente parcial: La pérdida de capacidad laboral es igual o superior al 5% e inferior al 50%; el trabajador tiene derecho a una indemnización y a ser reubicado si lo necesita.
- Invalidez: La pérdida de capacidad laboral es del 50% o más, y puede dar derecho a una pensión de invalidez.
El porcentaje de pérdida lo determina una calificación de las entidades del sistema (EPS, ARL, administradora de pensiones o juntas de calificación), y la indemnización de la incapacidad permanente parcial se calcula con la tabla del Decreto 2644 de 1994. ¿Quién paga una incapacidad laboral y desde qué día? La incapacidad de origen común la pagan, por tramos, el empleador, la EPS y la administradora de pensiones; la de origen laboral la paga la ARL. En todos los casos, la empresa le paga al trabajador en nómina y luego solicita el reconocimiento a la entidad responsable.
| Tramo | Responsable | Valor de referencia | Norma |
|---|---|---|---|
| Días 1 y 2 (origen común) | Empleador | Dos terceras partes del salario, sin bajar del salario mínimo diario | Decreto 2943 de 2013 · CST art. 227 |
| Días 3 a 90 (origen común) | EPS | Dos terceras partes del ingreso base de cotización | CST art. 227 · Decreto 780 de 2016 |
| Días 91 a 180 (origen común) | EPS | 50% del ingreso base de cotización | CST art. 227 |
| Días 181 a 540 (origen común) | Administradora de pensiones | Subsidio equivalente a la incapacidad temporal | Decreto Ley 019 de 2012, art. 142 |
| Día 541 en adelante (origen común) | EPS | Según las condiciones legales | Ley 1753 de 2015, art. 67 · Decreto 1333 de 2018 |
| Origen laboral | ARL | 100% del ingreso base de cotización, desde el día siguiente al accidente o al inicio de la incapacidad | Ley 776 de 2002, art. 3 |
¿Cuánto paga la EPS por una incapacidad laboral?
La EPS paga el 66,67% del ingreso base de cotización (IBC) entre los días 3 y 90 de una incapacidad de origen común, y el 50% entre los días 91 y 180, sin que el valor diario baje del salario mínimo. Para calcularlo se usa el IBC del mes anterior al inicio de la incapacidad inicial, también cuando se trata de una prórroga.
Valor de la incapacidad = IBC mensual / 30 × porcentaje del tramo × días reconocidos
Después de aplicar la fórmula, hay que verificar que el valor diario no sea inferior al salario mínimo diario. Si lo es, se paga el salario mínimo diario.
Ejemplo de cuánto se paga por una incapacidad de 30 días
Estos son dos casos de una incapacidad de origen común de 30 días, con el salario mínimo de 2026 ($1.750.905) como referencia:
| Concepto | Trabajador con IBC de $3.000.000 | Trabajador con salario mínimo |
|---|---|---|
| Valor diario al 66,67% | $66.667 | $38.909 (se ajusta al mínimo diario: $58.364) |
| Días 1 y 2, a cargo del empleador | $133.333 | $116.727 |
| Días 3 a 30, a cargo de la EPS (28 días) | $1.866.667 | $1.634.178 |
| Total de la incapacidad | $2.000.000 | $1.750.905 |
¿La incapacidad se descuenta del sueldo?
Durante los días de incapacidad, el auxilio reemplaza el salario de esos días, así que el trabajador puede recibir menos que su salario habitual cuando se aplica el 66,67% o el 50%. El efecto en el desprendible, los aportes y las prestaciones se explica en la guía para liquidar las incapacidades en la nómina.
¿Qué requisitos exige la EPS para reconocer una incapacidad?
Para que la EPS reconozca una incapacidad de origen común, el Decreto 2126 de 2023 exige tres condiciones:
- Estar afiliado como cotizante al sistema de salud, incluidos los pensionados con ingresos adicionales.
- Haber cotizado al menos cuatro semanas (28 días) inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad, verificadas a la fecha límite de pago del periodo en que comienza.
- Tener un certificado expedido por un médico u odontólogo de la red de la EPS o validado por ella.
El trámite de ese reconocimiento le corresponde a la empresa: el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 establece que el empleador adelanta directamente las gestiones ante la EPS, y el trabajador solo debe informar a tiempo que le expidieron la incapacidad. El tercer requisito, el certificado, tiene sus propias reglas de validez.
¿Qué certificados de incapacidad son válidos?
Es válido el certificado que expide un médico u odontólogo inscrito en el Registro Único Nacional del Talento Humano en Salud (ReTHUS) y adscrito a un prestador habilitado. Cuando el profesional no pertenece a la red de la EPS, el certificado debe pasar por validación de la entidad.
| Caso | ¿Es válido? | Condición |
|---|---|---|
| Médico de la red de la EPS | Sí | Expedido por profesional inscrito en ReTHUS |
| Médico particular | Sí, con validación | Presentarlo a la EPS dentro de los 15 días siguientes a su expedición, con la epicrisis o el resumen de atención (Decreto 1427 de 2022) |
| Incapacidad retroactiva | Solo en casos excepcionales | Hasta 3 días en atención ambulatoria justificada, y hasta 30 días en trastornos mentales u orgánicos o politraumatismo severo, por especialista tratante |
| Telemedicina | Sí | Debe cumplir la normativa vigente (Resolución 1644 de 2026, art. 21) |
| Teleorientación | No | La teleorientación no permite expedir incapacidades (Resolución 1644 de 2026, art. 10) |
¿Cuánto puede durar una incapacidad y cuándo es una prórroga?
Una incapacidad dura lo que indique el médico tratante, y cuando se extiende se expide una prórroga. Una incapacidad es prórroga de la anterior cuando se expide por la misma enfermedad o lesión, o por otra relacionada, incluso con un código diagnóstico distinto, y entre una y otra no hay una interrupción mayor a 30 días calendario. Esta regla tiene dos efectos para la nómina:
- Los días se acumulan: Las prórrogas suman días al mismo conteo, así que una incapacidad puede pasar del tramo del 66,67% al del 50% en el día 91 sin que haya un certificado nuevo de “inicio”.
- Se cuentan días calendario: El conteo incluye fines de semana y festivos.
Llevar bien ese conteo permite anticipar el día 180, cuando cambia la entidad que paga.
¿Qué pasa con una incapacidad de más de 180 o de 540 días?
Cuando una incapacidad de origen común se prolonga, la EPS debe emitir un concepto de rehabilitación antes del día 120 y enviarlo a la administradora de pensiones antes del día 150 (artículo 142 del Decreto Ley 019 de 2012). Ese concepto indica si el trabajador tiene pronóstico de recuperación.
| Momento | Qué ocurre |
|---|---|
| Antes del día 120 | La EPS emite el concepto de rehabilitación |
| Antes del día 150 | La EPS envía el concepto a la administradora de pensiones |
| Día 181 a 540 | La administradora de pensiones paga un subsidio equivalente a la incapacidad temporal |
| Desde el día 541 | La EPS vuelve a reconocer la incapacidad, según la Ley 1753 de 2015 y el Decreto 1333 de 2018 |
¿Qué dice la ley sobre las incapacidades laborales en Colombia?
La incapacidad laboral se rige por normas laborales y de seguridad social que se complementan. Estas son las principales:
| Norma | Qué regula |
|---|---|
| Código Sustantivo del Trabajo, art. 227 | Valor del auxilio por enfermedad no profesional |
| Sentencia C-543 de 2007 | El auxilio no puede ser inferior al salario mínimo |
| Decreto Ley 019 de 2012, art. 121 | El empleador tramita el reconocimiento ante la EPS |
| Decreto Ley 019 de 2012, art. 142 | Concepto de rehabilitación y pago entre los días 181 y 540 |
| Decreto 2943 de 2013 | Días 1 y 2 a cargo del empleador |
| Decreto 780 de 2016 y Decreto 2126 de 2023 | Requisitos, expedición y reconocimiento de incapacidades de origen común |
| Decreto 1427 de 2022 | Validación de certificados de profesionales externos a la red |
| Ley 1753 de 2015, art. 67 | Incapacidades superiores a 540 días |
| Ley 776 de 2002 y Ley 1562 de 2012 | Incapacidades de origen laboral y definiciones de riesgos laborales |
| Ley 361 de 1997, art. 26 | Protección frente al despido por condiciones de salud |
| Resolución 1644 de 2026 | Incapacidades en telemedicina |
El trabajador incapacitado conserva su contrato, su afiliación y los aportes a seguridad social. Cuando recupera su capacidad, la Ley 776 de 2002 obliga a reintegrarlo al cargo que tenía o a uno de la misma categoría, y a reubicarlo si quedó con una incapacidad permanente parcial.
La terminación del contrato de un trabajador con una condición de salud que limita su trabajo exige un análisis jurídico propio. El artículo 26 de la Ley 361 de 1997 protege a estos trabajadores frente al despido por su condición, y la Resolución 2708 de 2026 dejó sin efectos la Circular 049 de 2026 del Ministerio del Trabajo sobre autorizaciones de terminación, sin modificar esa protección legal.
Antes de terminar el contrato de un trabajador incapacitado o con una condición de salud, revisa el caso con asesoría jurídica especializada.
¿Cómo debe gestionar tu empresa las incapacidades laborales?
La gestión de incapacidades tiene dos frentes que conviene separar: el laboral, que asegura que el trabajador reciba su pago a tiempo, y el financiero, que asegura que la empresa recupere lo que la EPS o la ARL deben reconocer.
| Frente laboral | Frente financiero |
|---|---|
| Recibir y validar el certificado | Identificar la entidad responsable |
| Registrar la ausencia y la prórroga | Solicitar el reconocimiento con los soportes |
| Liquidar el auxilio en nómina | Hacer seguimiento a la respuesta |
| Pagar al trabajador y sus aportes | Conciliar el pago recibido con el caso |
Una incapacidad pagada sin reconocimiento queda como gasto de tu empresa
La empresa adelanta al trabajador el pago de casi todos los días de incapacidad, de modo que el frente financiero define cuánto de ese dinero vuelve a caja. Cuando los certificados, los requisitos y las prórrogas no se controlan desde el primer día, una parte del valor que debía reconocer la EPS o la ARL termina como gasto propio.
El servicio de Heinsohn GRE gestiona el recobro de incapacidades ante EPS y ARL a nivel nacional, con más de 10 años de experiencia: parte de un diagnóstico inicial, valida la documentación de cada caso, lo radica y le hace seguimiento continuo, con reportes mensuales y auditoría de resultados. Su plataforma muestra la cartera causada y recuperada, los días de incapacidad y los diagnósticos más comunes, y el servicio registra una tasa promedio de recuperación superior al 90% sobre los casos gestionados.
La incapacidad laboral se gestiona en dos frentes, el pago al trabajador y el reconocimiento ante el sistema
Una incapacidad laboral involucra al trabajador, a la empresa y a la entidad que debe reconocerla, y cada uno tiene reglas distintas según el origen, la duración y la calidad del certificado. La empresa está en el centro de ese circuito, porque paga primero y tramita después. Cuando ese circuito falla, las consecuencias son concretas:
- auxilios mal liquidados,
- certificados que la EPS no reconoce,
- prórrogas que se cuentan como incapacidades nuevas
- y dinero que la empresa adelantó y nunca recupera.
Estas son las acciones que permiten controlar cada incapacidad desde el primer día.
Lo que debes tener claro sobre la incapacidad laboral
- Pagar los días 1 y 2 de toda incapacidad de origen común y adelantar el resto al trabajador mientras la EPS reconoce su parte (Decreto 2943 de 2013).
- Liquidar al 66,67% hasta el día 90 y al 50% hasta el día 180, sin que el valor diario baje del salario mínimo (CST art. 227 y Sentencia C-543 de 2007).
- Verificar los tres requisitos del Decreto 2126 de 2023 antes de solicitar el reconocimiento: afiliación como cotizante, cuatro semanas cotizadas y certificado válido.
- Contar las prórrogas en días calendario para anticipar el concepto de rehabilitación del día 120 y el cambio de pagador del día 181.
- Tramitar directamente el reconocimiento ante la EPS, porque el artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 le asigna esa gestión al empleador.
Con el diagnóstico inicial gratuito de Heinsohn GRE, puedes conocer el estado de las incapacidades que tu empresa ya pagó y cuánto de ese dinero sigue pendiente de reconocimiento. Contáctanos ahora para analizar el caso de tu empresa.
Preguntas frecuentes sobre la incapacidad laboral
¿Quién paga los dos primeros días de una incapacidad?
Los dos primeros días de una incapacidad de origen común los paga el empleador, según el Decreto 2943 de 2013. La EPS reconoce la incapacidad desde el día 3.
¿Cuánto paga la EPS por 30 días de incapacidad?
La EPS reconoce 28 de los 30 días, porque los dos primeros los paga el empleador. Paga el 66,67% del IBC por cada día, sin bajar del salario mínimo diario. Con un IBC de $3.000.000, la EPS reconoce $1.866.667.
¿Las incapacidades se cuentan en días hábiles o calendario?
Las incapacidades se cuentan en días calendario, incluidos fines de semana y festivos, tanto para el pago como para el conteo acumulado de las prórrogas.
¿La incapacidad laboral puede pagarse por debajo del salario mínimo?
No. Según la Sentencia C-543 de 2007, el auxilio por incapacidad de origen común no puede ser inferior al salario mínimo legal vigente. Si el 66,67% o el 50% del IBC dan un valor menor, se paga el salario mínimo.
¿Una incapacidad de un médico particular es válida?
Sí, siempre que la EPS la valide. La empresa o el trabajador deben presentarla dentro de los 15 días siguientes a su expedición, con la epicrisis o el resumen de atención, y el profesional debe estar inscrito en ReTHUS.
¿Una incapacidad expedida por telemedicina es válida?
Sí, si se expidió en una consulta de telemedicina que cumple la normativa vigente. La teleorientación no permite expedir incapacidades, según la Resolución 1644 de 2026.
¿Qué pasa si el trabajador no está afiliado a la EPS?
Si el trabajador no está afiliado o la empresa no pagó sus aportes, la empresa asume el pago completo de la incapacidad y no puede solicitar el reconocimiento a la EPS.
¿El empleador puede pedirle al trabajador que tramite la incapacidad ante la EPS?
No. El artículo 121 del Decreto Ley 019 de 2012 establece que el empleador adelanta directamente el trámite ante la EPS. El trabajador solo debe informar a tiempo que le expidieron la incapacidad.